Les sites emblématiques Natura 2000 sont portés et animés en direct par la Région Auvergne-Rhône-Alpes.
Ain :
- Prairies humides et forêts alluviales du val de Saône
- Val de Saône
- Plateau du Retord et chaîne du Grand Colombier
Allier :
- Monts de la Madeleine
- Forêt des Colettes
Ardèche :
- Massifs de Crussol, Soyons, Cornas-Châteaubourg
- Moyenne vallée de l’Ardèche et ses affluents, pelouses du plateau des Gras
- Bois de Païolive et basse vallée du Chassezac
- Secteur des sucs Gerbier-Mézenc
Ardèche / Drôme :
Cantal :
- Sommets du nord Margeride
Isère :
- L’Isle Crémieu
- Marais à laiche bicolore, prairies de fauche et habitats rocheux du vallon du Ferrand et du plateau d’Emparis
- Plaine de Bourg-d’Oisans et ses versants
- Forêts, landes et prairies de fauche des versants du col d’Ornon
- Landes, tourbières et habitats rocheux du massif du Taillefer
- Cembraie, pelouses, lacs et tourbières de Belledonne, de Chamrousse au Grand Colon
Loire :
- Forêts et tourbières des monts de la Madeleine
- Gorges de la Loire aval
Haute-Loire :
- Mézenc
- Val d’Allier / Vieille-Brioude / Langeac
- Gorges de l’Allier et affluents
- Haut val d’Allier
- Sommets et versant orientaux de la Margeride
Puy-de-Dôme :
- Gîtes de la Sioule
- Gorges de la Sioule (1)
- Gorges de la Sioule (2)
Rhône :
- Prairies humides et forêts alluviales du val de Saône aval
Savoie :
- Massif de la Lauzière
- Massif de la Lauzière
- Réseau de zones humides, pelouses, landes et falaises de l’avant-pays savoyard
- Avant-pays savoyard
Haute-Savoie :
- Massif du mont Vuache
- Massif du mont Vuache
- Le Salève
- Massif des Voirons