En Auvergne-Rhône-Alpes, la gestion des 261 sites Natura 2000 repose sur une approche inédite en Europe, mettant en valeur la richesse écologique exceptionnelle de la région.
La Région Auvergne-Rhône-Alpes a fait le choix stratégique de maintenir une gestion uniformisée de ses espaces protégés en confiant l’animation et la coordination des sites Natura 2000 à deux acteurs clés :
- Les Conservatoires d’espaces naturels (CEN), experts en gestion écologique et en préservation des habitats ;
- Les Parcs naturels régionaux (PNR), acteurs engagés dans la valorisation des territoires et le développement durable.
Une gestion de proximité, une forte implication des territoires
Certaines collectivités locales, déjà impliquées dans la gestion des sites avant cette organisation, ont souhaité poursuivre leurs actions. Grâce à une dérogation octroyée par la Région, elles continuent à jouer un rôle actif dans l’animation des sites, contribuant à une gestion de proximité et à une forte implication des territoires.
Cette organisation unique permet de renforcer la coordination à l’échelle régionale et valorise l’expertise locale, ce qui favorise la mise en œuvre de stratégies cohérentes pour la préservation des habitats et des espèces.

Les acteurs de la région œuvrent ensemble pour préserver ces sites :
- Actions de restauration des habitats (zones humides, forêts anciennes) ;
- Protection des espèces emblématiques (Gypaète barbu, Apron du Rhône, Chiroptères…) ;
- Suivi scientifique pour mieux comprendre et protéger les écosystèmes ;
- Soutien aux pratiques agricoles et forestières durables avec l’accompagnement des agriculteurs pour développer des pratiques respectueuses de l’environnement ;
- Sensibilisation des habitants et visiteurs à l’importance de ces espaces naturels.